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藍(lán)景科信DAP-seq(DNA親和純化測序)實(shí)驗(yàn)流程

更新時(shí)間:2021-04-01   點(diǎn)擊次數(shù):6419次
一、蛋白表達(dá)載體構(gòu)建
1.1. 蛋白表達(dá)載體構(gòu)建試劑
高保真PCR預(yù)混液,瓊脂糖凝膠回收試劑盒,同源重組克隆試劑盒,DH5α感受態(tài)細(xì)胞,高純度質(zhì)粒小提試劑盒。
1.2. 蛋白表達(dá)載體構(gòu)建方法
1.2.1. 根據(jù)基因CDS序列,設(shè)計(jì)上游和下游引物并進(jìn)行引物合成。
1.2.2. 使用高純度質(zhì)粒小提試劑盒提取含有CDS序列的質(zhì)粒模板,或者使用客戶提供的質(zhì)粒模板,對目的CDS進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

 

1.2.3. PCR反應(yīng)程序

 
1.2.4. PCR產(chǎn)物回收
PCR結(jié)束后,進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳。使用瓊脂糖凝膠回收試劑盒,對目的條帶進(jìn)行膠回收。PCR產(chǎn)物回收后,測定回收產(chǎn)物的濃度,并進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測。
1.2.5. PCR產(chǎn)物與蛋白表達(dá)載體的連接轉(zhuǎn)化與鑒定
使用同源重組方法,將目的片段與蛋白表達(dá)載體進(jìn)行連接。將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化到DH5α感受態(tài)細(xì)胞中,涂布于含有抗生素的LB培養(yǎng)基上,倒置培養(yǎng)。挑取單菌落進(jìn)行菌落PCR鑒定,對擴(kuò)增出目的條帶的菌落進(jìn)行質(zhì)粒提取與測序。將測序結(jié)果與CDS進(jìn)行序列比對。
1.2.6. 蛋白表達(dá)載體的質(zhì)粒提取
對構(gòu)建正確的蛋白表達(dá)載體,進(jìn)行質(zhì)粒的提取,為后續(xù)蛋白表達(dá)做準(zhǔn)備。 
 
二、基因組DNA的提取
2.1. 基因組DNA提取試劑
根據(jù)不同物種、組織和器官,使用相應(yīng)的提取試劑或者試劑盒。例如:CTAB提取試劑盒、植物通用型提取試劑盒、磁珠法提取試劑盒、含多糖多酚樣本的基因組DNA提取試劑盒。
2.2. 基因組DNA提取方法
2.2.1. 稱取適量樣本材料,液氮速凍,研磨成粉末,使用相應(yīng)的試劑盒進(jìn)行基因組DNA提取。
2.2.2. 對提取的基因組DNA的質(zhì)量進(jìn)行檢測,包括基因組DNA濃度,純度,電泳。
 
三、親和純化文庫構(gòu)建
3.1. 親和純化文庫構(gòu)建試劑
3.1.1. DNA建庫試劑盒(BIOO SCIENTIFIC,NOVA-5188-01-NEXTflex-Rapid-DNA-Seq-kit-2.0)。
3.1.2. DNA Clean Beads (MICH Scientific,貨號(hào)NGS-0201-100)
3.2. 親和純化文庫構(gòu)建方法
3.2.1. 取適量基因組DNA進(jìn)行片段化。
3.2.2. 對片段化后的基因組DNA進(jìn)行篩選。
3.2.3. 取適量片段篩選后的基因組DNA進(jìn)行親和純化文庫的構(gòu)建,具體方法詳見NOVA-5188-01-NEXTflex-Rapid-DNA-Seq-kit-2.0建庫試劑盒說明書(BIOO SCIENTIFIC)。
3.2.4. 文庫構(gòu)建結(jié)束后進(jìn)行質(zhì)檢。
 
 
四、體外無細(xì)胞蛋白表達(dá)與檢測
4.1. 體外無細(xì)胞蛋白表達(dá)的主要試劑

4.1.1. 無細(xì)胞蛋白表達(dá)試劑盒
4.1.2. 用于進(jìn)行Western Blot檢測的一抗和二抗。
4.2. 體外無細(xì)胞蛋白表達(dá)反應(yīng)方法
根據(jù)無細(xì)胞蛋白表達(dá)試劑盒的使用說明,建立以下反應(yīng)體系,然后25 °C孵育2 h。
 
 
4.3. 體外蛋白表達(dá)檢測
4.3.1. 體外蛋白表達(dá)結(jié)束后,取適量反應(yīng)液,進(jìn)行SDS PAGE和Western Blot,檢測有無目標(biāo)蛋白的特異性條帶。
 
五、蛋白質(zhì)與文庫的親和純化
5.1. 親和純化所需要的主要試劑和設(shè)備
5.1.1. 親和純化磁珠
5.1.2. 平衡緩沖液
5.1.3. 24孔磁力架(Mich Scientific,貨號(hào)Magpow-24)
5.2. 親和純化方法
5.2.1. 將平衡好的磁珠與平衡緩沖液混勻。
5.2.2. 將蛋白表達(dá)預(yù)混液與磁珠充分混勻后進(jìn)行孵育。
5.2.3. 向上述混合液中加入適量文庫后充分混勻后進(jìn)行孵育。
5.2.4. 洗滌非特異性結(jié)合DNA,洗脫特異性結(jié)合的DNA。
 
六、洗脫文庫擴(kuò)增質(zhì)檢與測序

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