一、DAP-Seq（DNA親和純化測(cè)序）技術(shù)問(wèn)世

2016年5月，來(lái)自美國(guó)Salk研究所的科學(xué)家們?cè)贑ell期刊發(fā)表題為“Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape"的文章（IF=28.71）。該研究開(kāi)發(fā)了一項(xiàng)新技術(shù)：DAP-Seq（DNA親和純化測(cè)序），用于快速繪制轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控靶向DNA區(qū)域的圖譜：順?lè)唇M（cistrome）的蛋白質(zhì)結(jié)合區(qū)域的景觀(guān)圖。構(gòu)建完整的順?lè)唇M和表觀(guān)組圖譜（epicistrome maps）是闡明生長(zhǎng)發(fā)育、行為和疾病復(fù)雜轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重要方法。DAP-seq大大擴(kuò)展了科學(xué)家們收集的關(guān)于轉(zhuǎn)錄因子及它們結(jié)合位點(diǎn)的信息。

DAP-Seq將蛋白質(zhì)體外表達(dá)技術(shù)與高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，不需要針對(duì)每個(gè)轉(zhuǎn)錄因子制備特異性抗體，所以DAP-Seq具有快速、高通量、節(jié)約時(shí)間成本等顯著優(yōu)勢(shì)，比Chip-seq更易于擴(kuò)展；DAP-Seq方法可用于所有的植物，這為科學(xué)家提供了一扇窗口，了解調(diào)控序列中的遺傳或表觀(guān)遺傳變異影響它們性狀的機(jī)制。

本研究為了檢驗(yàn)DAP-Seq技術(shù)，科學(xué)家們快速繪制出了529種轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合擬南芥基因組的位點(diǎn)。鑒別出了270萬(wàn)個(gè)結(jié)合位點(diǎn)。隨后采用包含或不包含胞嘧啶甲基化的DNA重復(fù)了這些實(shí)驗(yàn)。該文測(cè)試的大約四分之三的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合模式發(fā)生了改變。這使得科學(xué)家們能夠揭示出如果不除去甲基化，或許會(huì)漏掉的結(jié)合位點(diǎn)。采用這些方法，可以看到只在一部分細(xì)胞或組織中活化的結(jié)合位點(diǎn)。該研究不僅闡明了調(diào)控蛋白改變基因表達(dá)的機(jī)制，還揭示了表觀(guān)遺傳甲基化標(biāo)記在這種調(diào)控中所起的作用。

Figure 1. Genome-wide Discovery by DAP-Seq

二、DAP-Seq（DNA親和純化測(cè)序）技術(shù)完善

2017年 8月，同樣是 Salk研究所的科學(xué)家們，在Nature Protocols期刊發(fā)表題為“Mapping genome-wide transcription factor 結(jié)合位點(diǎn) using DAP-seq"的文章（IF=12.423）。詳細(xì)敘述了運(yùn)用DAP-Seq（DNA親和純化測(cè)序）技術(shù)對(duì)全基因組轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的檢測(cè)實(shí)驗(yàn)和整體流程。一個(gè)有分子生物學(xué)經(jīng)驗(yàn)的研究人員遵循這個(gè)方案，每周可處理多達(dá)400個(gè)樣本。

研究材料：5 μg genomic DNA，本文作者已采用DAP-seq技術(shù)，成功對(duì)擬南芥、玉米15號(hào)和人類(lèi)（未發(fā)表）轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行了檢測(cè)。

研究方法：DAP-seq

Figure 2. DAP-seq protocol overview

Figure 3. 擬南芥轉(zhuǎn)錄因子  TGA5 (AT5G06960) DAP-seq DNA 文庫(kù)檢測(cè)實(shí)驗(yàn)

藍(lán)景科信為您提供DAP-seq全流程技術(shù)服務(wù)和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析，具有100多個(gè)物種，2000多個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)，已助力客戶(hù)在許多期刊發(fā)表文章，例如：Molecular Plant，The Plant Cell，Plant Physiology，Plant Biotechnology Journal，New Phytologist，Journal of Integrative Plant Biology等，歡迎咨詢(xún)。

客戶(hù)已發(fā)表的文章：

2024年1月25日，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)白菜系統(tǒng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室在Plant Physiology （IF=7.4）期刊發(fā)表了題為“ETHYLENE RESPONSE FACTOR 070 inhibits flowering in Pak-choi by indirectly impairing BcLEAFY expression"的研究成果。該文借助DAP-seq技術(shù)解析了乙烯響應(yīng)因子BcERF070抑制不結(jié)球白菜開(kāi)花的分子機(jī)制。

2023年11月29日，西北農(nóng)林科技大學(xué)蘋(píng)果抗逆與品質(zhì)改良創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)李明軍課題組在The Plant Cell在線(xiàn)發(fā)表了題為“The transcription factor MdBPC2 alters apple growth and promotes dwarfing by regulating auxin biosynthesis"的研究論文。該研究使用了DNA親和純化測(cè)序（DAP-seq）技術(shù)鑒定了BBR/BPC家族的MdBPC2轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合基序和靶基因，揭示了該轉(zhuǎn)錄因子，通過(guò)H3K27me3修飾調(diào)控蘋(píng)果生長(zhǎng)素生物合成，從而協(xié)調(diào)蘋(píng)果的生長(zhǎng)和植株結(jié)構(gòu)的新機(jī)制。

2023年11月22日，浙江大學(xué)張波教授課題組研究成果，發(fā)表在Plant Physiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為T(mén)ranscription factor PpNAC1 and DNA demethylase PpDML1 synergistically regulate peach fruit ripening。該研究使用了DNA親和純化測(cè)序（DAP-seq）技術(shù)鑒定了PpNAC1轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合基序和靶基因。研究發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1協(xié)同調(diào)節(jié)桃果實(shí)中乙烯合成、果肉軟化和風(fēng)味形成的分子機(jī)制。

2023年7月11日，鄭州大學(xué)與中棉所棉花生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的研究成果發(fā)表在New Phytologist（IF=9.4，Q1區(qū)）期刊上，題目為“GhRCD1 regulates cotton somatic embryogenesis by modulating the GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18 transcriptional cascade"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了陸地棉GhMYC3的結(jié)合基序和靶基因。揭示了GhRCD1-GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18轉(zhuǎn)錄級(jí)聯(lián)調(diào)控棉花SE的分子機(jī)制，為細(xì)胞全能性以及棉花基因工程研究提供了新思路。

2023年6月16日，濟(jì)南大學(xué)生物科技與技術(shù)學(xué)院李慧教授團(tuán)隊(duì)的研究成果，發(fā)表在植物學(xué)領(lǐng)域的TOP期刊Plant, Cell & Environment（IF=7.947），文章題目為“ZmEREB57 regulates OPDA synthesis and enhances salt stress tolerance through two distinct signalling pathways in Zea mays"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了玉米中一個(gè)AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合基序以及靶基因。揭示了ZmEREB57通過(guò)兩個(gè)不同的信號(hào)途徑調(diào)控玉米OPDA合成增強(qiáng)耐鹽性的分子機(jī)制，為耐鹽性植物新品種的培育提供了重要的遺傳資源。

2023年6月4日，青島農(nóng)業(yè)大學(xué)草業(yè)學(xué)院宋輝教授課題組的研究成果，發(fā)表在Oil Crop Science期刊上，文章題目為Identification of the target genes of AhTWRKY24 and AhTWRKY106 transcription factors reveals their regulatory network in Arachis hypogaea cv. Tifrunner using DAP-seq。該研究使用DNA親和純化測(cè)序（DAP-seq）技術(shù)鑒定了AhTWRKY24和AhTWRKY106的結(jié)合基序以及下游基因。并結(jié)合RNA-seq數(shù)據(jù)揭示了AhTWRKY24和AhTWRKY106轉(zhuǎn)錄因子可以調(diào)控參與干旱脅迫響應(yīng)的下游基因。

2023年5月29日，北京林業(yè)大學(xué)生物學(xué)院林木分子育種團(tuán)隊(duì)的研究成果，發(fā)表在期刊Plant Physiology（IF=8.005），文章題目為“Allelic variation in transcription factor PtoWRKY68 contributes to drought tolerance in Populus"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq) 技術(shù)鑒定了毛白楊轉(zhuǎn)錄因子PtoWRKY68的結(jié)合基序以及靶基因。揭示了PtoWRKY68基因等位變異通過(guò)調(diào)控ABA信號(hào)通路響應(yīng)干旱脅迫的分子機(jī)制，為利用分子育種策略開(kāi)發(fā)耐旱樹(shù)木新品種奠定了遺傳基礎(chǔ)。

2023年5月22日，河北農(nóng)業(yè)大學(xué)與西北農(nóng)林科技大學(xué)的聯(lián)合研究成果，在線(xiàn)發(fā)表在Horticultural Plant Journal 期刊(Q1區(qū)，IF=5.7)，文章題目為“Overexpression of the transcription factor MdWRKY115 improves drought and osmotic stress tolerance by directly binding to the MdRD22 promoter in apple"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了蘋(píng)果轉(zhuǎn)錄因子MdWRKY115的結(jié)合基序和靶基因。揭示了MdWRKY115通過(guò)直接結(jié)合MdRD22啟動(dòng)子增強(qiáng)植物對(duì)干旱和滲透脅迫耐受性的調(diào)節(jié)機(jī)制。

2023年4月13日，西北農(nóng)林科技大學(xué)園藝學(xué)院王西平教授課題組在Horticulture Research(IF=7.291)在線(xiàn)發(fā)表了題為“Control of ovule development in  Vitis vinifera by  VvMADS28 and interacting genes" 的研究論文。DAP-seq助力該研究揭示了葡萄MADS-box基因?qū)ε咧榘l(fā)育的調(diào)控機(jī)制。

2023年4月6日，中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥資源中心黃璐琦院士/袁媛研究員課題組的研究成果，發(fā)表在Frontiers in Microbiology期刊上(IF=6.064)，文章題目為“PuCRZ1, an C2H2 transcription factor from Polyporus umbellatus, positively regulates mycelium response to osmotic stress"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了豬苓中一個(gè)C2H2轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合基序及其靶基因，揭示了PuCRZ1參與調(diào)控豬苓菌絲生長(zhǎng)以及滲透脅迫耐受的分子機(jī)制。

2023年3月，北京林業(yè)大學(xué)生物學(xué)院宋躍朋教授課題組的研究成果發(fā)表在了Plant Physiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為“Enhanced genome-wide association reveals the role of YABBY11-NGATHA-LIKE1 in leaf serration development of Populus"的研究論文。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了楊屬YABBY11轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合基序和靶基因。發(fā)現(xiàn)YABBY11與楊樹(shù)葉形自然變異顯著關(guān)聯(lián)，為探索理想葉形遺傳改良奠定了理論基礎(chǔ)。

2023年3月，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)端木德強(qiáng)團(tuán)隊(duì)在New Phytologist期刊（IF=10.323）在線(xiàn)發(fā)表了題為“A transcription factor of the NAC family regulates nitrate-induced legume nodule senescence"的研究論文。該研究揭示了豆科植物百脈根中一個(gè)NAC轉(zhuǎn)錄因子在硝酸鹽誘導(dǎo)的根瘤衰老過(guò)程中發(fā)揮了關(guān)鍵的調(diào)控作用。

2023年2月9日，浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院的最新研究成果，發(fā)表在Molecular Plant期刊上(IF=21.949)，文章題目為“Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of pigment glands in Gossypium bickii"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了比克氏棉子葉GoPGF的結(jié)合基序和下游靶基因。并進(jìn)一步揭示了比克氏棉色素腺形態(tài)建成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，為培育具有特定性狀的栽培棉花新品種提供了寶貴的基因資源。  

2023年1月31日，西北農(nóng)林科技大學(xué)園藝學(xué)院蘋(píng)果重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的最新研究成果，發(fā)表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“MdERF114 enhances the resistance of apple roots to Fusarium solani by regulating the transcription of MdPRX63"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了蘋(píng)果MdERF114的結(jié)合基序和靶基因。進(jìn)一步研究揭示了MdERF114正向調(diào)控蘋(píng)果根系抵御腐皮鐮刀菌侵染的分子機(jī)制，為培育抗ADR的砧木提供了寶貴的基因資源。

2023年01月03日，中南林業(yè)科技大學(xué)的最新研究成果，發(fā)表在Communications Biology 期刊上(IF=6.548)，文章題目為“The bHLH-zip transcription factor SREBP regulates triterpenoid and lipid metabolisms in the medicinal fungus Ganoderma lingzhi"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了藥用真菌靈芝中bHLH-zip轉(zhuǎn)錄因子SREBP的結(jié)合基序和靶基因。進(jìn)一步研究揭示了SREBP調(diào)控靈芝中三萜類(lèi)化合物和脂質(zhì)代謝的分子機(jī)制，為提高靈芝物種的GA產(chǎn)量提供了寶貴的基因資源。

2022年12月21日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所的研究成果發(fā)表在Plant Physiology期刊上(IF=8.005)，文章題目為“A brassinosteroid transcriptional regulatory network participates in regulating fiber elongation in cotton"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)鑒定了陸地棉中BR信號(hào)通路核心轉(zhuǎn)錄因子GhBES1.4的結(jié)合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介導(dǎo)的BR調(diào)控棉纖維伸長(zhǎng)的網(wǎng)絡(luò)，為培育陸地棉優(yōu)質(zhì)纖維新品種提供了寶貴的基因資源。

2022年10月，浙江大學(xué)農(nóng)業(yè)與生物技術(shù)學(xué)院宋鳳鳴課題組的最新研究成果，發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊Journal of Integrative Plant Biology（IF=9.106）上，文章題目為“The NAC transcription factor ONAC083 negatively regulates rice immunity against Magnaporthe oryzae by directly activating transcription of the RING-H2 gene OsRFPH2-6"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq) 技術(shù)鑒定了水稻中轉(zhuǎn)錄因子ONAC083的結(jié)合基序和靶基因。進(jìn)一步研究揭示了OsNAC083通過(guò)結(jié)合ACGCAA元件影響OsRFPH2-6轉(zhuǎn)錄，進(jìn)而負(fù)調(diào)控水稻對(duì)稻瘟病的抗性。

2022年9月，中國(guó)熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶生物技術(shù)研究所功能基因研究組在雜志Plant Biotechnology Journal（IF=13.263）在線(xiàn)發(fā)表了題為 “A CC-type glutaredoxin, MeGRXC3, associates with catalases and negatively regulates drought tolerance in cassava (Manihot esculenta Crantz)" 的研究論文，證實(shí)了CC類(lèi)谷氧還蛋白MeGRXC3可以在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控過(guò)氧化氫酶的活性、影響過(guò)氧化氫在葉片表皮不同類(lèi)型細(xì)胞中的分布，從而調(diào)控木薯對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)。

2022年8月，廣西大學(xué)農(nóng)學(xué)院甘蔗生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張木清/姚偉研究團(tuán)隊(duì)在Journal of Experimental Botany（IF=7.298）在線(xiàn)發(fā)表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究論文，該研究發(fā)現(xiàn)了一個(gè)甘蔗新的AP2家族轉(zhuǎn)錄因子ScAIL1，通過(guò)靶向DELLA調(diào)節(jié)JA與GA合成，平衡植物生長(zhǎng)與防御。

2022年8月，安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)、中國(guó)水稻研究所和上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯(lián)合發(fā)表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，調(diào)控OsAPX1的表達(dá)，促進(jìn)褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發(fā)的分子機(jī)制。

2022年8月，揚(yáng)州大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院、植物功能基因組學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室高勇課題組在The Plant Cell（IF=12.085）上在線(xiàn)發(fā)表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究論文，揭示了光敏色素互作因子（phytochrome interacting factors, PIFs）通過(guò)協(xié)調(diào)紅光和脫落酸（ABA）信號(hào)調(diào)節(jié)氣孔開(kāi)度的分子機(jī)制。

2022年7月，北京市農(nóng)林科學(xué)院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、齊魯師范大學(xué)玉米分子育種研究院的共同研究成果，在期刊Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發(fā)表，題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究?jī)?nèi)容是鑒定了玉米花青素合成相關(guān)等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3個(gè)ZmR1等位基因的生物學(xué)功能和分子調(diào)控機(jī)制。

2022年5月，中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology（IF=8.005）期刊上發(fā)表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調(diào)控水稻適應(yīng)鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機(jī)制。其中，該研究使用了DNA親和純化測(cè)序技術(shù)（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）調(diào)控的下游靶基因。

2022年2月，北京林業(yè)大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)學(xué)院林木育種國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室的研究成果，發(fā)表在Frontiers in Plant Science期刊上(IF=6.627)，文章題目為“Genome-Wide Identification of Direct Targets of ZjVND7 Reveals the Putative Roles of Whole-Genome Duplication in Sour Jujube in Regulating Xylem Vessel Differentiation and Drought Tolerance"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq)技術(shù)分別鑒定了二倍體酸棗和同源四倍體酸棗中ZjVND7的結(jié)合基序和靶基因。揭示了ZjVND7在調(diào)節(jié)木質(zhì)部導(dǎo)管分化和耐旱性中的潛在分子機(jī)制，為培育耐旱性植物提供了新的思路。

2021年4月29日，重慶文理學(xué)院園林與生命科學(xué)學(xué)院陳澤雄教授的研究成果，發(fā)表在植物科學(xué)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)期刊Plant Science（IF=5.363）上，文章題目為“A R2R3-MYB transcriptional activator LmMYB15 regulates chlorogenic acid biosynthesis and phenylpropanoid metabolism in Lonicera macranthoides"。該研究使用DNA親和純化測(cè)序(DAP-seq) 技術(shù)鑒定了金銀花R2R3-MYB轉(zhuǎn)錄因子LmMYB15的DNA結(jié)合基序及其靶基因。進(jìn)一步研究揭示了LmMYB15調(diào)控金銀花CGA生物合成和苯丙素代謝的分子機(jī)制，該研究成果為利用基因工程策略開(kāi)發(fā)富含CGA的金銀花新品種提供了寶貴的基因資源。

2020年4月，北京工商大學(xué)與藍(lán)景科信合作，Biochemical and Biophysical Research Communications（IF=3.322）發(fā)表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling"的文章，為揭示PIFs轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控ABA信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制提供了重要線(xiàn)索。

2019年9月，北京林業(yè)大學(xué)和藍(lán)景科信合作，在植物學(xué)主流學(xué)術(shù)期刊Journal of Experimental Botany（IF=5.36）上，發(fā)表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H+-ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。該研究借助DNA親和純化測(cè)序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技術(shù)，深入揭示了胡楊耐鹽的分子機(jī)制。